未来軌道

1年ぶりに地球にやってきた９９９。機械化人の支配は終わり、繁栄の道をたどる地球。列車から降りたメーテルは地下に捕らえられていた鉄郎を助け出し、９９９の新しい旅が始まった。列車の中で待っていたのは機関車と人間とのコミュニケーションを円滑にするための電子妖精カノンだった。

鉄郎よ。1年でそんなに髪が伸びたのは何故なのか？ そしてメーテルよ。絶対切れないはずの鎖をブチブチ素手でちぎれるのは何故なのか？ このあたりが今回の旅の謎を解く鍵か？

シャドウ・彷徨える惑星墓地

地球を出て最初の停車駅は冥王星。ここには機械の抜け殻たちがいるだけだった。ホテルの管理人は、あの顔のないシャドウ。メーテルは氷の地に元の体に戻ることを誓う。そんなとき、メーテルと鉄郎をおいて９９９号が発車してしまった。

車掌から返された戦士の銃はNo.２。しかし、メーテルの持っているクレジットカードの署名、「全宇宙のどの時代、どこの存在にでも通用する宇宙語」なのに「太陽系内ではまだ解読できる人はいない」のは何故なのか？

空間無限軌道

９９９に乗って冥王星を離れる夢を見ていたシャドウ。電子妖精カノンの計らいでシャドウの夢をかなえた９９９が戻ってきた。そして鉄郎が地球から連れてきた猫のミーくんにも９９９のパスが与えられたのだった。

電子妖精カノン、なかなか頼れるヤツ。しかし、猫にまでパスが必要とは。やはり猫の場合も正規購入する場合は人間と同運賃なのだろうか？

無限大叙事詩第一楽章

時間トンネルで砕け散ったクレアのことを思い出していた鉄郎。その鉄郎の前に現れたのは、元と変わらぬ姿をしたクレアだった。冥王星から盗まれてしまった元の体を取り戻すのがクレアの目的。そして鉄郎はメーテルに新しい目的駅を告げられる。それは「光の大星雲エターナル」

テクノロジア

「輝く蛍の輪（ブライトリングファイアフライ）」に停車した９９９。ホテルの支配人をしているという少女イーゼル。宇宙に手配されている鉄郎とメーテルのために弁当まで作ってくれたのだが、生命の灯をひとつでも多く消したいと願っているものによって星は破壊されてしまった。そして９９９は「大テクノロジア」に停車する。

星が破壊されることを知っていたと言うカノン、タダモノではあるまい。ハーロックも９９９だけでなく星も助けてやればいいものを・・・

大テクノロジアII さらば友よ!!

ドクター・シリアル・西岡に連れられて長老を訪れた鉄郎とメーテル。「誰かが覚えている限り死んだことにはならない」という長老に言葉を失う鉄郎。そしてここで修理改造を終えた９９９は再びメーテルと鉄郎を乗せ、星の海へ旅立つのだった。

９９９の予備車両がいつも側を走っていたとは・・・この設定、どこかで見たと思ったら無限軌道ＳＳＸだ。

太陽系消滅

大テクノロジアを出発した９９９はホエギョの星に停車した。そのとき太陽が爆発して超新星になり、地球は消え去った。これも人類を恐れた「敵」の仕業。そして９９９の運航は大テクノロジアが代行することになったのである。

消化器を浴びたメーテルを「雪の女王」とは、鉄郎よ、のんきすぎるぞ。そしてメーテルよ、鉄郎を「雪のお地蔵さま・・・鉄郎にはぴったりね」とは恐れ入った。

空間騎士「地獄の聖母」

列車に侵入したヘルマザリアに情けをかけられた鉄郎。ヘルマザリアは地球を破壊した「敵」の最前衛を守るものだったのだ。次に停車した惑星ヘヴィメルダーでヘルマザリアは鉄郎に撃たれ、「あの子には私の死を知らせるな」とメーテルに言い残して死んでいった。

いきなり通過していく宇宙戦艦ヤマト。ヤマトの登場はこれきりか？ それにしても艦長は沖田なのか？ 古代は乗っているのか？ いろいろと疑問の膨らむシーンではある。

トロフィーハンター

食堂車の故障でワオの星に臨時停車した９９９。車掌に銃を持たされ、食料の調達に出かけた鉄郎とメーテルは、食料を得るためではなく栄光のためだけに銃を使う「トロフィーハンター」に出会う。そんな二人を助けてくれたのは宇宙最大最強のプラネタイガー・ワオだった。

再びＪ・オング風にコートを広げ、トロフィーハンターを追い払おうとするメーテル。そのコートの中身を知りたいのは山々だが、結局何も持ち帰らない二人は、この後どうやって飢えを満たすのか？

「普通の星」

ワオの星から乗ってきたリトル・ハーロック。危篤の父親に会うためにハンターの貨物船に乗り、ワオの星に不時着したのを９９９に助けられたのだった。残念ながら父親の最期には間に合わなかったが、「何があっても生き抜く強い男になれ」という父親の言葉を守るため、再会を約束して別れるのだった。

やっと直った食堂車。鉄郎が持っているのはホカ弁か？ まあ、いい。「親より先に死ぬな」「父親が死んでもなくな」「何があっても生き抜く強い人間になれ」決して忘れてはいけない言葉である。