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この中分類には，海洋，沿海，港湾，河川，湖沼において船舶により旅客又は貨物の運送を行う事業所が分類される。ただし，港湾においてはしけによって貨物の運送を行う事業所は 中分類48−運輸に附帯するサービス業 [ 4811 ]に分類される。
船舶は，その運航を管理する事業所に含めて一事業所とする。ただし，陸上に事業所を持たない場合は，船舶をもって事業所とする。
主として水運業の事業所を統括する本社等として，自企業の経営を推進するための組織全体の管理統括業務，企画，運営，監督，人事，総務，財務，経理，広報，法務，労務，資材の調達，販売促進等の現業以外の業務を行う事業所をいう。
○管理事務を行う本社・本所・本店・支社・支所
主として水運業における活動を促進するため，同一企業の他事業所において，輸送，清掃，修理・整備，保安等の支援業務を提供する事業所をいう。
○車庫；自家用修理工場；自家用補修所；自家用集荷所
日本と外国の諸港との間又は外国の諸港間で船舶により主として旅客の運送を行う事業所をいう。
旅客船により自動車と当該自動車の運転者，乗務員，乗客又は積載貨物の運送を併せて行う事業所も本分類に含まれる。
○外航旅客定期航路業；外航旅客不定期航路業
日本と外国の諸港との間又は外国の諸港間で船舶により主として貨物の運送を行う事業所をいう。
○外航貨物定期航路業；外航貨物不定期航路業
日本沿岸諸港間（港湾内を除く）を船舶により主として旅客の運送を行う事業所をいう。
旅客船により自動車と当該自動車の運転者，乗務員，乗客又は積載貨物との運送を併せて行う事業所も本分類に含まれる。
○国内旅客定期航路業；国内旅客不定期航路業（旅客定員12人以下の船舶によるものも含む）；自動車航送業（旅客定員13人以上の旅客船によるもの）
日本沿岸諸港間を船舶により主として貨物の運送を行う事業所をいう。
○内航貨物定期航路業；内航貨物不定期航路業； 自動車航送業（旅客定員13 人以上の船舶によるものを除く）
主として港湾内において船舶により旅客の運送を行う事業所をいう。
○通船業；港湾内遊覧船業
主として河川において船舶により旅客又は貨物の運送を行う事業所をいう。
○河川水運業；河川渡船業；河川遊覧船業
主として湖沼において船舶により旅客又は貨物の運送を行う事業所をいう。
○湖沼水運業；湖沼渡船業；湖沼遊覧船業
主として運航業者に船舶（内航船舶を除く）の貸渡し又は運航の委託を行う事業所をいう。
○船舶貸渡業（内航船舶貸渡業を除く）
主として運航業者に内航船舶の貸渡し又は運航の委託を行う事業所をいう。
○内航船舶貸渡業
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