明治元年（1868）神仏分離令により大山津見神（おおやまづみのかみ）を主神として、他に五社の祭神を合祀しています。元赤蔵山（山号）上一本宮寺の講堂を拝殿としています。合祀されている五社は、神明社、白山社、波仁屋社（はにやしゃ）、愛宕社、亀山天神社です。『能登名跡志』に「霊山にして石動山に準ずる山なり」とあるように、古くは神仏習合の霊場として栄えており、通称「あかくらごんげん」と称して仰がれてきた旧社であります。
『赤蔵山縁起』によると、「聖武天皇天平２年東宮眼を患い給い、当山に祈願して癒え給うによって、五里の地を社領として定められた」とあります。『赤蔵山大権現本地仏縁起』も併用して敷延すると、天平２年（730）に、聖武天皇の皇子（東宮）が眼病を患った時、皇太子の母・つまり后の夢に、老人が現れ、能州赤蔵山に霊験不思議な大権現があるので、祈りなさい、必ず直ります、とお告げがあった。早速そのことを天皇に申し出たところ、天皇は臣下の中納言・藤原諸末（もろすえ）に祈願を行うよう命じました。諸末が、大和多武峯（やまととうのみね）の有名な定惠法師の高弟・愚淵法師をはじめとした約30人の僧侶を伴い能登赤蔵山にたどり着き、堂を建て、祭壇を設け法華会（ほっけえ）という法要をおこなって祈願したところ、たちまち効果が現れ、病気が癒えました。天皇は諸末に命じて、諸堂を建立し、五里四方の地を社領としたと伝えています。また愚淵法師がそのまま赤蔵山に留まることになったということです。大権現とは（本地垂迹説による考え方で）、仏教が日本に伝来してから、仏（本来の仏教の神である仏の姿・本地）が民衆を救うため日本の神に姿を変えて（垂迹して）、この世に現れたという信仰です。
また近世の『貞享二年由来記』という由緒書には、「推古天皇の御代の創建にして、別当寺院百二十坊、社領一里四方であった」と伝えており、推古天皇の御代、つまり６世紀末期の創建と説き、往時は社僧１２０坊を数え、勢威を誇ったことを伝えています。後白河天皇の御世の時には、神殿を建て替えて、三引村の田畑を寄進し、社僧120坊をおいて、赤蔵山上一本宮寺（じょういちほんぐうじ）と言いました。
また中世には、赤蔵大権現と称して、その別当の赤蔵寺は、南北朝の争乱期の観応の擾乱の際には、足利尊氏党の吉見氏頼に組みし、足利直義の越中の桃井軍と戦ったことが古文書にみえます。その際、多くの社堂が焼失しました。
（参考） 吉見太平記〜忘れられた能登守護家・能登吉見氏〜（観応2年-赤蔵山の戦い）
さらに天正年間の上杉謙信勢の兵乱で、社堂は灰燼に帰したとも伝えています。
近世に入ると、赤蔵山は、 長連龍 が当地（鹿島半群領）を領有するに至って、祈願所として再興しました。『式内等旧社記』（承応2年：1653)に、「赤蔵神社、三引保、赤蔵山鎮座、称赤蔵権現、或云赤蔵山本宮権現、祭神大己貴命」となっています。祭神が、大山津見神でなく、大己貴命（つまり大国主命）となっているのは、地主神ということであろう。赤蔵山本宮寺の権現であると解釈したのだろうと、現在の研究者は推測しています。
その後、長連頼（つらより）は、寛文元年(1661)社領として６１石６斗を寄進しています。その時、仁王門、講堂、奥の院、鐘楼、白山社、神明社、天神社がその時再建されました。現在の本殿（旧・奥の院）、拝殿（旧・講堂）、仁王門はその頃の造営と伝えられています。
明治元年の神仏分離令により、大権現は明治2年に新築した本地仏堂に移され、仁王像、講堂の仏像、釣鐘その他も本地仏堂に移されました。さらに明治41年(1908)には、一村一社による、天神社を宝物堂として許可を受けて大権現と他の仏像も、宝物堂に安置されています。仁王像は、なぜか仁王門に戻りました。
スギ、モミなどの巨木が鬱蒼と繁った山内には、寛文４年(1644)の長氏再建にかかる本殿をはじめ、元講堂であった拝殿、仁王門、白山社跡、神明社跡、塔屋敷跡や石畳の参道、国の名水百選に選ばれた御手洗池（みたらしいけ）などが残っています。
６００ｍにわたる参道の石段と伏石は、昔、能登島の善男善女の信者が運んだと伝わっています。仁王門の脇からスギ・アテ・タブノキなどの大木の多い水平参道は途中で分かれ、直進すると御手洗池があり、そこは年中枯れることなく、縁起と関係しての話かと思いますが、眼病に効くとの伝承があります。この山の名の由来は、実は御手洗池で、昔、敗軍の将が馬もろとも入水し、池に元日の早朝、赤い鞍が浮くことから、「赤鞍＝赤蔵」の名が生まれたといいます（別の林道を登ると、現在は三角点の展望台があるところに出ます。詩人・野口雨情も、ここに来遊したらしく、眼下に広がる絶景に感動した詩碑があります）。 山麓の裏参道の両側に現存する怡岩院、栄春院をはじめとする社僧坊跡が連なり、亀山と呼ばれる小丘には天神堂と称する釣鐘堂が建つなど、かつての神仏習合時の霊山の姿を色濃く残しています。
明治42年(1909)無格社５社を合祀。大正５年(1916)郷社に昇格。例祭及び春祭４月10日、秋祭10月10日。式年祭（赤蔵権現現本地仏の御開帳）が３３年ごとに行われています。
左の写真の右奥の光を受けた建物は、拝殿の写真である。近くで見ると（右の写真）、かなり立派なな建物であった。万治２年(1659)長連頼に建立され、間口七間（12.72ｍ）、奥行七間半（13.63ｍ）で、草檜造りの建物であります。元々は赤蔵山一本宮寺講堂であったが、明治元年の神仏分離の太政官布告により赤蔵神社の拝殿となった。明治28年に屋根を瓦葺に改修しています。祭神は、大山津見命である。この社の右へ１００ｍほど行くと榮春院があり、また手前にちょっと参道が見えるが、この参道を左へ行くと、本殿（奥之院）へと続く。この建物が、講堂であった名残りとして、廊下の柱の上に、文化4年（1807）、寛政15年の祈祷札や護摩札が残っています。また拝殿の右側に釣鐘堂がありましたが、現在は天神山の宝物堂の横に移築されております。
左端の写真は、拝殿から本殿（旧・奥の院）に向かう参道の途中にある中の鳥居である。木造朱塗りの権現造の控柱のある鳥居です。鳥居の高さは、4.5ｍ、幅は3.6ｍです。現在ある鳥居は、平成元年に、翌年の開帳を前に建直したものです。大正13年(1924)、昭和32年に改築されていますが、それ以前も33年ごとに行われる開帳の時に改築されているようです。